W roku 1945 Kuratorium Okręgu Szkolnego Poznańskiego powołuje Zawodową Szkołę Dokształcającą. Początkowo siedziba szkoły znajdowała się w budynku Szkoły Podstawowej im. Stanisława Staszica w Szamotułach.
W 1950 roku Zasadnicza Szkoła Dokształcająca zmienia swą siedzibę. Władze miejskie przyznały jej budynek przy ulicy Poznańskiej 16. W tym czasie zostaje również powołana, przez władze wojewódzkie, Zasadnicza Szkoła Zawodowa, dla której warsztaty mieściły się przy ulicy Dworcowej.
W 1960 roku został oddany do użytku szkolnego budynek przy ulicy Kołłątaja 1. Tutaj znalazły się izby lekcyjne, sala gimnastyczna i nowe pomieszczenia warsztatowe (mieszczą się tam do dziś).
W 1976 roku decyzją Kuratorium Oświaty i Wychowania w Poznaniu został powołany Zespół Szkół Zawodowych, w skład którego weszły: Liceum Zawodowe, Zasadnicza Szkoła Zawodowa oraz Zasadnicza Szkoła Zawodowa Dokształcająca.
9 maja 1987 roku społeczność szkolna przeżyła ważną uroczystość – nadano szkole imię Hugona Kołłątaja – wybitnego działacza epoki oświecenia, orędownika reformy ustrojowej w kraju.
W 2002 roku szkoła przeniosła swą siedzibę do nowego, nowoczesnego budynku przy ulicy Mickiewicza 4. Zmieniła też nazwę na Zespół Szkół nr 3 im. Hugona Kołłątaja.
W 2006 roku nastąpiło otwarcie nowoczesnej hali widowiskowo – sportowej, która służy społeczności naszej szkoły, uczniom ze szkół sąsiednich a także wszystkim mieszkańcom naszego powiatu.